鸡粪肥可以当底肥使用，直接撒入土壤中，进行翻耕即可。鸡粪肥需要经过充分的腐熟以后才能正常施用，这样才可以充分发挥其作用。充分腐熟的鸡粪肥能培肥地力、改良土壤、促进作物平衡生长，未经过腐熟的鸡粪肥会烧毁作物根系，带来病害隐患。

鸡粪有机肥虽含有丰富的有机质和作物需要的各种养分，但营养元素含量较低，难以满足作物对大中营养元素的需要，因此与化肥相配合，才能均衡提供作物营养成分，保证农作物产品。一般可将40—60%的氮肥、全部磷肥和80%的钾肥与鸡粪有机肥一起作底肥施用。